W listopadzie 1883 roku Matka Małgorzata posłała dwie siostry - s. Weronikę Bronic i s. Różę Domańską - do Warszawy, aby pomagały w schronisku podczas pięciu miesięcy zimowych. Schronisko było prowadzone przez ludzi bogatych, którzy troszczyli się o potrzeby materialne, siostry natomiast przygotowywały posiłki i przyjmowały na noc bezdomnych oraz starały się o wymiar duchowy mieszkańców: czytały Pismo święte i żywoty Świętych, przypominały podstawowe prawdy wiary i modliły się razem.

            W kwietniu 1884 roku schronisko zostało zamknięte, a s. Weronika i Róża miały wrócić do Zakroczymia. Jednak do domu w Zakroczymiu zostały przyjęte nowicjuszki, dlatego Matka Małgorzata prosiła siostry, aby podjęły nową pracę w Warszawie. Ostatecznie sama udała się do Warszawy i wynajęła mieszkanie, do którego zaczęła przyjmować osoby chore i starsze. Niektóre z pensjonariuszek składały drobną ofiarę i pomagały w pracach domowych. Siostry starały się o wsparcie ze strony bogatych ufając jednocześnie Opatrzności Bożej. Kroniki zakonne zapisały tylko, że proboszcz pobliskiej parafii, ks. Chmielewski wspierał dom pierwszy dom warszawski Ubogich Siostrzyczek. Spowiednikiem sióstr został starszy kapłan mieszkający przy kościele, ks. Gucewicz.

            Pod koniec 1887 roku Matka Małgorzata, za zgodą o. Honorata Koźmińskiego wynajęła mieszkanie na ul. Kościelnej i umieściła w nim dwie siostry. Przełożoną została s. Antonina Wysocka a obowiązki w kuchni podjęła s. Feliksa Kołakowska. Z czasem w domu na ul. Kościelnej mieszkało więcej sióstr, które opiekowały się osobami chorymi i biednymi. Podobnie jak w Zakroczymiu, siostry w Warszawie utrzymywały się z szycia bielizny i haftu artystycznego. Chodziły też do bogatych domów prosząc o jałmużnę.

            W 1889 roku Matka Małgorzata posłała dwie siostry do Częstochowy, by poszukały możliwości założenia nowego domu i podjęcia pracy z chorymi i ubogimi. Częstochowa należała do zabory rosyjskiego a kościelnie do Diecezji Włocławskiej. Była duchowym centrum Polski podzielonej przez zaborców. Na Jasną Górę pielgrzymowali nie tylko mieszkańcy zaboru rosyjskiego, ale również pielgrzymi z zaboru pruskiego i austriackiego. Matka Małgorzata, zapewne pod wpływem o. Honorata, chciała być blisko duchowego serca Ojczyzny.

            Siostry przybyłe do Częstochowy wynajęły mieszkanie w pobliżu klasztoru jasnogórskiego, przy ul. św. Barbary i rozpoczęły działalność charytatywną. Na początku miały pod opieką tylko trzy osoby, ale udzielały posiłków dla wielu żebraków. W czasie nasilania się pielgrzymek, udzielały również noclegu. Wzorem Matki Małgorzaty utrzymywały się z pracy ręcznej prowadząc pracownię szat liturgicznych. W 1892 roku Założycielka Siostrzyczek Ubogich kupiła większy dom, aby poszerzyć działalność charytatywną sióstr. Po sprzedaniu domu w Zakroczymiu w 1892 roku, do Częstochowy został przeniesiony nowicjat.

            Początki Zgromadzenia Siostrzyczek Ubogich naznaczone są stałą duchową opieką o. Honorata Koźmińskiego, którzy przyjął pierwsze śluby od Matki Małgorzaty oraz niezwykłą prostotą ducha i franciszkańskim ubóstwem Założycielki. O. Honorat przyjął pierwsze śluby  zakonne i jest założycielem oraz pierwszym ojcem duchowym Zgromadzenia, a jednocześnie tym, który pomógł Matce Małgorzacie odnaleźć jej własny charyzmat.

            O. Honorat pomagając duchowo Matce Małgorzacie jednocześnie dawał jej wolność w podejmowaniu decyzji dotyczących przyszłości Zgromadzenia. Ich współpraca była naznaczona wzajemnym zaufaniem. Matka Małgorzata formowała nowicjuszki i zakładała nowe domy zakonne wykazując duże zaangażowanie apostolskie.