Matka Małgorzata wdzięczna Bogu za dom w Hałcnowie, nie przestawała myśleć o większej fundacji, położonej w pobliżu drogi kolejowej pozwalającej szybko przemieszczać się i zakładać nowe fundacje. Swoją troską podzieliła się z kard. Albinem Dunajewskim, który poradził jej udać się do ks. prałata Andrzeja Knycza, proboszcza w Oświęcimiu. Kardynał argumentował tym, że w Oświęcimiu nie było dotychczas żadnego zgromadzenia żeńskiego. Matka Małgorzata już w drodze powrotnej z Krakowa zatrzymała się w Oświęcimiu i przedstawiła swoją prośbę.

            Oświęcim pod koniec XIX wieku liczył około  5 tysięcy mieszkańców, z czego połowa to Katolicy i połowa Żydzi oraz nieliczni Ewangelicy. Kościół w zaborze austriackim cieszył się wolnością i mógł zakładać dzieła charytatywne. Salezjanie przybyli do Oświęcimia w 1898 roku. W mieście znajdowały się ruiny klasztoru podominikańskiego. Miejsce wybrane na klasztor i kościół było własnością Rozalii Kułkowej i znajdowało się na rogu między Nowym Rynkiem i ul. Zatorską. Cały teren kosztował 2000 złotych reńskich. Z pomocą w zakupie terenu przyszła Opatrzność Boża.

            Pewnego dnia siostry wracały po nieszporach z kościoła do domu w Hałcnowie. Na furcie czekał proboszcz z Pisarzowic. Przyjęły go w rozmównicy. Były zdziwione, gdy dowiedziały się, że chce im pomóc w zakupie terenu pod nowy dom. Złożył 3000 złotych reńskich prosząc jednocześnie o dyskrecję. Siostry zapłaciły za teren i jeszcze mogły zakupić materiał na budowę. Matka Małgorzata była przekonana, że to dobry Bóg zesłał jej tego dobroczyńcę.

            W jesieni 1892 roku Matka Małgorzata zakupiła działkę w Oświęcimiu i zaczęła gromadzić materiał na budowę. Jednocześnie zbierała fundusze, wyjeżdżała na kwesty i sama nadzorowała sprzedaż domu w Zakroczymiu. 1 Maja 1893 roku dziekan ks. Woźniak i prał. Andrzej Knycz poświęcili pierwszy kamień pod budowę klasztoru. Modlitwa Matki Małgorzaty była niezwykle skuteczna również w czasie szukania miejsca na studnię. W czasie prac odmówiła różaniec i wskazała miejsce, gdzie po wykopaniu studni o głębokości 4 metrów znaleziono mocną żyłę wodną, która daje wodę po dziś dzień. W jesieni stały już mury klasztoru przykryte dachem. Na Święta Bożego Narodzenia siostry wprowadziły się do domu.

            W Oświęcimiu Matka Małgorzata spędziła dziesięć lat (1894-1904) wypełnione wysiłkami zmierzającymi do umocnienia Zgromadzenia. Klasztor stał się siedzibą zarządu generalnego i nowicjatu. Duży dom dawał większe możliwości działania. Założycielka Serafitek zajęła się staraniami o aprobatę kościelną dla swojej wspólnoty. Przede wszystkim ściągnęła siostry z Warszawy. W zaborze rosyjskim pozostał tylko dom w Częstochowie. W czasie pożegnania z Arcybiskupem Warszawskim Wincentym Popielem podarował on dla Matki Małgorzaty srebrną puszkę do przechowywania Najświętszego Sakramentu jako podziękowanie za pracę sióstr.

            W połowie 1895 roku Matka Małgorzata otworzyła nowicjat w Oświęcimiu. 13 czerwca tego samego roku miały miejsce pierwsze obłóczyny nowicjuszek. Mistrzynią nowicjatu została s. Agnieszka Tymińska z Hałcnowa. Zamknięto też nowicjat w Częstochowie. Matka Małgorzata starała się o pozwolenie na przechowywanie Najświętszego Sakramentu w kaplicy klasztornej. Z czasem kaplica klasztorna okazała się za mała, dlatego Założycielka Serafitek starała się o budowę kościoła klasztornego.

            1 czerwca 1897 roku rozpoczęły się prace przybudowie kościoła. Budową kierował Paweł Müller, który wcześniej budował klasztor. 7 listopada 1899 roku ks. Anatol Nowak, kanonik Kapituły Krakowskiej poświęcił kościół, który szybko stał się centrum życia Zgromadzenia. Tu odbywały się obłóczyny i śluby oraz rekolekcje zakonne. Do kościoła przychodzili na Msze święte również wierni. Klasztor stał się centrum życia duchowego.