Klasztor Serafitek w Oświęcimiu stał się szybko miejscem szeroko rozwiniętej działalności charytatywnej. Siostry przede wszystkim rozpoczęły zorganizowaną opiekę na ludźmi starszymi i biednymi. Znaleźli oni najpierw schronienie w klasztorze, a z czasem z ostał zbudowany osobny dom dla 60 chorych staruszek. Kolejnym dziełem była ochronka dla dzieci, do której przyjmowani około 50 dzieci z najuboższych rodzin zapewniając im wyżywienie i wychowanie, naukę katechizmu i modlitwy. Klasztor Serafitek przyjmował również sieroty. Siostry prowadziły opiekę nad chorymi w domach pomagając w higienie osobistej, przygotowaniu posiłków i prostej opiece medycznej. Przy klasztorze powstała też pracownia haftu artystycznego, gdzie przygotowywano szaty liturgiczne.

            Działalność charytatywna szybko rozszerzała się na cały zabór rosyjski. Obok Hałcnowa i Oświęcimia, domy powstawały w Żywcu, Frydrychowicach, Stryju, Drohobyczu, Jarosławiu. Siostry otwierały ochronki i sierocińce, w których zajmowały się małymi dziećmi zapewniając im opiekę i wychowanie religijne. Zakładały szkoły podstawowe, gdzie uczyły czytania i pisania. Przy domach zakonnych siostry prowadziły kursy szycia i haftowania, gotowania i higieny. W 1896 roku siostry podjęły pracę w szpitalu w Przemyślu rozpoczynając nowy rozdział w pracy Zgromadzenia.

            Na początku XX wieku Matka Małgorzata otworzyła nowy dom w Nieszawie, Diecezja Włocławska, wracając na tereny zaboru rosyjskiego. W latach 1893-1904 powstało 13 nowych domów Zgromadzenia.

            W tym czasie Matka Małgorzata czuwała nad formacją Sióstr Serafitek. Przygotowała z siostrami Rytuał obejmujący modlitwy codzienne, modlitwy odmawiane w czasie obłóczyn i ślubów zakonnych, oraz modlitwy z okazji Świąt uroczyście obchodzonych w Zgromadzeniu. Wydała Instrukcję dla mistrzyni nowicjatu i nowicjuszek.

            O. Honorat Koźmiński czuwał nad Zgromadzeniem Sióstr Serafitek poprzez zaufane osoby. Wysłał list okólny w 1894 roku, w których pisał, że wysyła s. Brunonę Pydynkowską, by w jego imieniu odwiedzała domy zakonne. Kolejna wizytacja miała miejsce w 1896 roku. O. Honorat wysłał wtedy odnowione Statuty.

            Statuty Sióstr Serafitek zostały po raz pierwszy zaaprobowane przez Kurię Biskupią w Krakowie 30 grudnia 1898 roku. Dwa lata później Siostry otrzymały aprobatę od rządu austriackiego. 30 maja 1908 roku Zgromadzenie Sióstr Serafitek zostało afiliowane do Zakonu Braci Mniejszych Kapucynów, a 12 lutego 1909 roku otrzymało "dekret pochwalny" ze Stolicy Apostolskiej. w 1936 roku Konstytucje Zgromadzenia otrzymały aprobatę papieską na 7 lat i ostateczne zatwierdzenie 3 marca 1953 roku.

            Aprobata biskupia i papieska ustabilizowała sytuacje prawną Zgromadzenia Matki Bożej Bolesnej i pomogło w dalszym rozwoju. W 1901 roku odbyła się pierwsza Kapituła Generalna pod przewodnictwem Matki Małgorzaty Szewczyk. Według Konstytucji z 1891 roku Kapituły Generalne powinny odbywać się co 6 lat. Po trzech latach powinna odbyć sie "kapituła w połowie". Przełożona generalna była wybierana na okres 6 lat i mogła być wybierana na następne kadencje.

            3 marca 1897 roku po raz pierwszy w historii Zgromadzenia do obłóczyn zostały dopuszczone siostry konwerski tworząc drugi chór obejmujący siostry, które nie posiadały wykształcenia i pełniły funkcje pomocnicze. Siostry dzieliły się ze względu na pełnione funkcje. Koadiutorki z drugiego chóru wykonywały prace domowe. Siostry z pierwszego chóru prowadziły dzieła apostolsko-charytatywne. Wszystkie siostry, zarówno z pierwszego jak i z drugiego chóru żyły w skromnych warunkach praktykując ubóstwo, czystość i posłuszeństwo. Brały udział w głosowaniach i w wyborze przełożonej generalnej.