30 grudnia 1901 roku rozpoczęła się w Oświęcimiu pierwsza Kapituła Generalna Zgromadzenia Serafitek zwołana przez Założycielkę Matkę Małgorzatę Szewczyk. Obradom przewodniczył Komisarz biskupi, ks. prał. Andrzej  Knycz, proboszcz oświęcimski. Do domu generalnego przybyło 46 delegatek reprezentujących wszystkie domy zakonne, wśród nich było 5 przedstawicielek drugiego chóru. Mimo zaawansowanego wieku - 73 lata - i wielu chorób, Przełożoną generalną większością głosów została wybrana ponownie Matka Małgorzata i zaproponowała na wikarię generalną s. Katarzynę Hałasińską. Już wtedy, Matka Małgorzata, wyczerpana latami pracy, myślała o oddaniu urzędu młodszej siostrze.

            Po trzech latach kierowania wspólnotą Serafitek, Matka Małgorzata zdecydowała o rezygnacji z funkcji przełożonej generalnej. 8 marca 1904 roku złożyła dymisję w Kurii biskupiej w Krakowie argumentując zaawansowanym wiekiem - miała wówczas 76 lat - oraz licznymi chorobami, które nękały jej ciało. Napisała osobiście list do kard. Jana Puzyny, ówczesnego Biskupa Krakowskiego argumentując, że Zgromadzenie Serafitek rozrosło się bardzo w ostatnich latach, a ona nie ma już sił, aby rozwiązywać wszystkie problemy, jakie się pojawiają. Prosiła również, aby zaopiekował się Zgromadzeniem. Kard. Puzyna, po wysłuchaniu opinii Komisarza biskupiego, ks. Karola Szałaśnego, przyjął rezygnację Matki Małgorzaty 9 kwietnia 1904 roku.

            27 kwietnia 1904 roku Matka Małgorzata przekazała urząd przełożonej generalnej w ręce Matki Hieronimy Węgrzyk, mianowanej przez Kurię biskupią w Krakowie. W czasie ceremonii Założycielka Serafitek powiedziała, że jest zadowolona, iż może przekazać urząd w ręce młodej siostry. Prosiła również nową przełożoną generalną, aby kochała Zgromadzenie i troszczyła się o jego rozwój. Na koniec Matka Małgorzata uklękła na środku oratorium i prosiła wszystkie siostry o wybaczenie, jeśli w czymś je skrzywdziła. Poprosiła również o modlitwę w jej intencjach.

            W pierwszych dniach maja Matka Małgorzata opuściła Oświęcim i udała się do Nieszawy w Diecezji Włocławskiej, ponieważ tam był dom Serafitek, które prowadziły życie ukryte. Miały one pracownię haftu i uczyły dziewczęta szyć i haftować. Gdy Matka Małgorzata przybyła do Nieszawy, siostry wynajęły od proboszcza niewielki domek nazywany "wikaryjką" albo "organistówką" naprzeciw kościoła parafialnego. Ze swojego pokoju mogła widzieć przez okno wieczną lampkę w kościele. Na prośbę założycielki Siostry zajęły się chorymi w szpitaliku miejskim oraz odwiedzały ubogich w domach. Przygotowywały chorych do przyjęcia Komunii świętej, dbały o higienę osobista i czyste łóżko. Wszystkie obowiązki wykonywały za darmo.

            W Nieszawie zdrowie Matki Małgorzaty powoli się pogarszało. Chorowała na nerki i osłabł wzrok. Pewnego dnia wpadła do piwnicy, ponieważ jedna z sióstr zostawiła drzwi otwarte. Złamała nogę i pozostawała w łóżku. Znosiła wszystkie cierpienia i niewygody z pokorą nie narzekając na swój los. Powoli przygotowywała się do ostatecznego przejścia do wieczności. Do końca korzystała co tydzień ze spowiedzi. Komunię świętą przynosił jej codziennie miejscowy proboszcz.

            Po przyjęci sakramentu namaszczenia chorych Matka Małgorzata zmarła rano 5 czerwca 1905 roku w obecności s. Augustyny. Jej ciało, ubrane w strój zakonny i złożone do trumny zostało wystawione w kaplicy św. Wojciecha w kościele parafialnym w Nieszawie. Było wystawione przez trzy dni w kaplicy, a ludzie z Nieszawy przychodzili, aby się modlić i składali kwiaty. Na pogrzeb przybyły delegatki z Oświęcimia. Niestety Siostry Serafitki z innych domów w zaborze austriackim nie otrzymały pozwolenia na udział w pogrzebie. Trumnę złożono na cmentarzu w Nieszawie w grobowcu rodzinnym s. Augustyny Lamparskiej. O. Honorat radził siostrom, aby nie chowały Matki Małgorzaty w ziemi, lecz w murowanym grobie.