Siostra Katarzyna Albowiczówna pragnąc udzielić pomocy jak największej liczbie sierot, pożyczała pieniądze zadłużając Dom Panieński. W trudnej sytuacji finansowej postanowiła oddać dom innemu zakonowi. Najpierw zwróciła się do Karmelitanek Trzewiczkowych, które w domu Zofii Czeskiej znalazły schronienie po opuszczeniu Lwowa. Król Jan Kazimierz dekretem z 15 marca 1662 roku zgodził się, aby Karmelitanki przejęły Dom Panieński pod warunkiem prowadzenia dzieła miłosierdzia. W pięć lat później ten sam król pozwolił na założenie klasztoru Karmelitanek w domu Zofii Czeskiej pod warunkiem zachowania obowiązku wychowania i kształcenia dziewcząt (30 września 1667). Karmelitanki Trzewiczkowe jednak w 1677 roku opuściły Kraków wracając do Lwowa.

            W 1681 roku siostra Katarzyna Albiczówna zaprosiła Wizytki z Warszawy do prowadzenia dzieła miłosierdzia. Popierający tę ideę bp Jan Małachowski oddał na własność Siostrom Wizytkom całą fundację Zofii Czeskiej wraz z uposażeniem. Eufrozyna Dębińska, krewna i wychowanka Zofii Czeskiej, z czasem próbowała osiedlić się razem z uczennicami w niezamieszkałym budynku Sióstr Benedyktynek ze Staniątek przy kościele św. Scholastyki w Krakowie. Siostry Benedyktynki jednak zaprotestowały w Rzymie.

            Sytuacja Panien Prezentek wyjaśniła się, gdy bp Jan Małachowski wybudował klasztor dla Wizytek poza murami Krakowa na tzw. „Biskupiem”. W roku 1692 Siostry Wizytki zrzekły się Domu Panieńskiego przy ul. Szpitalnej i wszystkich jego dochodów, a Prezentki mogły wrócić do swojego domu. Dzięki pomocy biskupa sufragana Stanisława Szembeka Zgromadzenie Sióstr Prezentek zostało odnowione i zaczęło znów przyjmować kandydatki do ślubów zakonnych. W materiałach archiwalnych zanotowano, że biskup Szembek w 1698 roku „zatwierdził formę oblekania nauczycielek i składania czterech ślubów prostych, mianowicie czystości, ubóstwa i posłuszeństwa i wychowania nieletnich dziewcząt tak w pobożności jak w robotach ręcznych aż do końca życia, po wypełnieniu dwuletniej próby swego uzdolnienia do kształcenia nieletnich dziewcząt”.

            Decyzja biskupa Stanisława Szembeka zakończyła długi okres prób dla dzieła Matki Zofii Czeskiej. Pomimo trwającej 10 lat utraty Domu Panieńskiego idea utworzenia pierwszego zgromadzenia czynnego przetrwała chwile trudne. Odrodzenie Zgromadzenia w 1698 roku spotkało się z dużym poparciem społeczeństwa Krakowa. Do młodej wspólnoty zaczęły na nowo wstępować młode dziewczęta, które składały śluby zakonne i podejmowały pracę w zakładzie wychowawczym i w szkole. Jednak budynek Zofii Czeskiej przy ulicy Szpitalnej, nie remontowany przez całe lata, uległ poważnemu zniszczeniu. Gdy sytuacja polityczna w kraju nieco się uspokoiła i ustały epidemie biskup Michał Szembek ogłosił, że chce ufundować Zgromadzeniu Sióstr Prezentek nowy klasztor. Siostry zaczęły rozglądać się za nowym lokalem dla rozwijającej się szkoły.