Wielką pomoc w tych czasach prób i nowych wyzwań okazali Zgromadzeniu biskupi krakowscy: biskup Kazimierz Łubieński i biskup Felicjan Konstanty Szaniawski, który zasłynął w Diecezji Krakowskiej jako budowniczy seminariów duchownych i kolegium w Łukowie. Gdy dotychczasowy administrator krakowski Kazimierz Łubieński został w r. 1710 biskupem krakowskim, przeprowadził wizytację diecezji. W ramach wizytacji odwiedził także Dom Zgromadzenia przy ul. Szpitalnej, który wymagał natychmiastowych remontów. Po stwierdzeniu jego złego stanu i szczupłości miejsca, przeprowadził konsultacje z architektem Kacprem Bażanką. A w końcu podjął decyzję o budowie przez Zgromadzenie Sióstr Prezentek nowego klasztoru przy ul. św. Jana. Po uzyskaniu w r. 1715 od króla Augusta II zgody na budowę nowego klasztoru przy ul. św. Jana, i otrzymaniu darowizny pieniężnej od różnych darczyńców, Siostry wykupiły wspomniany plac i rozpoczęły budowę. Gdy nowy klasztor był na tyle przygotowany, by można było w nim zamieszkać, siostry przeniosły za pozwoleniem biskupa Konstantego Felicjana Szaniawskiego dnia 7 grudnia 1726 roku siedzibę szkoły i Zgromadzenia z domu swej Założycielki Zofii Czeskiej przy ul. Szpitalnej do nowego klasztoru przy ul. Św. Jana, kontynuując przez wiele następnych lat budowę klasztoru.

            W trzy lata później, dnia 11 lipca 1729 roku bp Konstanty Felicjan Szaniawski ogłosił Akt erekcyjny nowego klasztoru i urzędowo potwierdził oddanie Zgromadzeniu Sióstr Prezentek na własność przylegającego niewielkiego kościoła pod wezwaniem św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty. Jednocześnie w dokumencie erekcyjnym bp Szaniawski określił, że do Zgromadzenia mają być przyjmowane  nauczycielki, których liczba nie może przekroczyć dziesięciu. Miały one składać śluby czystości, ubóstwa i posłuszeństwa razem z przyrzeczeniem kształcenia i wychowania ubogich dziewcząt. Jednocześnie zobowiązał Zgromadzenie do utrzymania dwunastu dziewcząt nie posiadających żadnego źródła utrzymania. Podtrzymał decyzję biskupa Piotra Gembickiego z 1644 r., że każdorazowy archiprezbiter kościoła Mariackiego jest Komisarzem biskupim Zgromadzenia. Biskup Szaniawski zaznaczył w dekrecie erekcyjnym, że Panny Prezentki powinny starać się o potwierdzenie Stolicy Apostolskiej „tego wszystkiego, cokolwiek o inkorporacji dóbr kościelnych w niniejszej erekcji postanowione jest”.

            Decyzja biskupa Szaniawskiego sprawiła, że liczba nauczycielek w szkole Sióstr Prezentek nie przekraczała dziesięciu i tym samym spowodowała, że Zgromadzenie nie rozwijało się poza Krakowem. Dopiero w 1922 roku, po wprowadzeniu w życie Nowego Kodeksu Prawa Kanonicznego w r. 1917 Prezentki zerwały z tym zwyczajem, zakładając domy poza Krakowem.

            Matka Zofia Czeska zadziwiła Kraków postawą pobożności i miłosierdzia, którego uczyła się przede wszystkim z kart Ewangelii a także w Bractwie Miłosierdzia. Pragnąc poświęcić się całkowicie Bogu, jednocześnie postanowiła służyć ubogim dzieciom. Zrealizowała swoje powołanie w nowym Zgromadzeniu, prowadzącym życie wspólnotowe w czystości, ubóstwie i posłuszeństwie, a równocześnie wychodząc na zewnątrz do ubogich. Jest wzorem mądrej niewiasty, zdecydowanej realizować swoje powołanie pomimo trudności i przeszkód.