Charyzmat Zgromadzenia Panien Prezentek ukazany przez Sługę Bożą Matkę Zofię Czeską podlegał kształtowaniu na przestrzeni wieków wokół tajemnicy Maryi, Służebnicy Pańskiej i Matki Pana, jak ją nazywa Ewangelia św. Łukasza. Był wzbogacany pod wpływem doświadczenia kolejnych pokoleń Sióstr Prezentek żyjących prawdami wiary głoszonymi przez Kościół. Ważną rolę w formowaniu duchowości Sióstr Prezentek odgrywały również przemiany historyczne i społeczne w Polsce, które wpływały na myślenie i pobożność zmieniających się czasów.

Wielkie znaczenie miały wydarzenia, które znajdowały odbicie w przyklasztornym kościele św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty, gdzie od XVIII wieku koncentrowało się życie Panien Prezentek. Kościół św. Jana wraz z cudownym wizerunkiem Matki Bożej był bardzo dobrze znany już 100 lat wcześniej samej Założycielce Zgromadzenia Matce Zofii Czeskiej i jej duchowym córkom – wychowankom i siostrom. W roku 1643 Matka Zofia zapisała duży fundusz kapitałowy na Msze święte ku czci Najświętszej Maryi Panny, które miały być odprawiane we wszystkie soboty w zwykłym czasie liturgicznym z modlitwą „pro peccatis” – na odpuszczenie grzechów. Była to tzw. pierwsza altaria, czyli pierwsze ministerium - pierwsza służba ołtarzowa przy ołtarzu głównym, do którego w r. 1939 został przeniesiony łaskami słynący obraz Matki Bożej. Prawo patronatu nad tą altarią zostało przekazane samej Fundatorce Zofii Czeskiej, a po jej śmierci mieli go przejąć oficjałowie krakowscy. Był to, zatem obraz, który w szczególny sposób czciła za swego ziemskiego życia sama Założycielka szkoły i Zgromadzenia Sióstr Prezentek. 80 lat później osiedliły się przy kościele św. Jana Siostry Prezentki, stając się strażniczkami tego cudownego Wizerunku.

Zakonne kroniki odnotowywały cuda i łaski dokonane za przyczyną Matki Bożej Świętojańskiej, które zostały potwierdzone przez liczne wota gromadzone w sanktuarium jako wyraz wdzięczności za otrzymane łaski. Podkreślają one, że wierni zwracali się często do Boga przez pośrednictwo Jego Matki czczonej w cudownym obrazie. Szczególnym rysem tej pobożności były modlitwy o wybawienie z niewoli tureckiej. Obraz stał się znany jako obraz Matki Bożej od „wykupu niewolników”.

Ukoronowaniem historycznych aktów, które składają się na charyzmat Zgromadzenia Panien Prezentek była koronacja obrazu Matki Bożej Świętojańskiej, nazwanej Matką Wolności w 1965 roku przez abpa Karola Wojtyłę. Wydarzenie to nadało ostateczny charakter duchowości maryjnej, która rozwija się w Zgromadzeniu Panien Prezentek. Duchowość ta promieniuje na Kraków i Polskę, a dziś wychodzi również poza granice naszej Ojczyzny (Rzym, Ukraina).

Duchowość Maryjna Sióstr Prezentek koncentruje się między innymi wokół tajemnicy Bożego Macierzyństwa, która została wyeksponowana w obrazie Matki Bożej Świętojańskiej i jest uwieńczeniem wiary Kościoła. Wiara ta ma swoje podstawy ewangeliczne, szczególnie w Ewangelii św. Łukasza i obejmuje doświadczenie Ludu Bożego Starego i Nowego Przymierza.